A 39-tagú Tudományos Tanács nemzetközileg elismert kutatókból áll. A Tudományos Tanács az Irányító Testület munkáját segíti a HUN-REN Központ Szervezeti és Működési Szabályzatában foglalt feladatok ellátásával, így többek között
- véleményezi az Irányító Testület számára készült, stratégiai jelentőségű előterjesztéseket,
- stratégiai javaslatokat készít és éves értékelést végez,
- dönt az Irányító Testület által ráruházott hatáskörökben.
A Tudományos Tanács működésének részletes szabályait ügyrendjében határozza meg, amelyet az Irányító Testület hagy jóvá.